Sesuai Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 Tentang Perangkat Daerah dan Peraturan Daerah Provinsi daerah Kabupaten Deli Serdang Nomor 5 Tahun 2016 Tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Provinsi Daerah Khusus Ibukota Kabupaten Deli Serdang, maka Dinas Pelayanan Pajak Provinsi Kabupaten Deli Serdang melakukan pembenahan organisasi dengan kembali menjalankan fungsi retribusi daerah yang sebelumnya hanya melakukan pelayanan pajak daerah.
Lalu, berdasarkan Peraturan Gubernur Nomor 154 Tahun 2020 tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan Pendapatan Daerah, SKPD ini lebih fokus dalam melaksanakan tugasnya sebagai pengelola pendapatan daerah dalam pemungutan pajak dan retribusi daerah.
Kini, Organisasi Dan Tata Kerja Bapenda diatur dalam Peraturan Gubernur Daerah Khusus Ibukota Kabupaten Deli Serdang Nomor 57 Tahun 2022 Tentang Organisasi Dan Tata Kerja Perangkat Daerah.
Susunan Struktur Organisasi Badan Pendapatan Daerah (Bapenda) adalah sebagai berikut :


Untuk Informasi tentang Pejabat Pengelola Informasi dan Dokumentasi (PPID) dapat dilihat di PPID BAPENDA